La inclusión del acceso a ficheros de 32 bits en Windows 3.11 para trabajo en grupos, significó que el modo Real de 16 bits de MS-DOS no se seguiría usando para manejar ficheros mientras Windows estuviese en ejecución, y la introducción del acceso a disco de 32 bits significó que un la BIOS de un PC dejaría de usarse para administrar el disco duro. Esto redujo el rol de MS-DOS a un simple Bootloader o cargador de arranque para el kernel en modo protegido de Windows. El DOS incluido aún se podía usar para ejecutar drivers antiguos por razones de compatibilidad, aunque Microsoft no recomendaba su uso, dado su impacto en el rendimiento y estabilidad del sistema operativo. El Panel de Control de Windows permitió a los usuarios ver que componentes de MS-DOS todavía permanecían en el sistema, mejorando el rendimiento general cuando estos no se usaban. El kernel de Windows aún usaba el antiguo modo real de drivers de MS-DOS en el llamado Modo a prueba de fallos, aunque este modo especial estaba diseñado para permitir a un usuario arreglar los problemas que se pudieran presentar con la carga de drivers nativos en modo protegido.